Die Gründung der uralten Wasserfestung ist sagenumwoben. Die erste geschichtliche Erwähnung datiert aus dem 11. Jh. Im Laufe der langen Geschichte wechselten mächtige Geschlechter als Besitzer. 1634 brannte das Schloss fast vollständig nieder, wobei die Form des Wiederaufbaus des 17. Jh. bis heute fast unverändert geblieben ist. Unter der Herrschaft von Kaiser Leopold I. gelangte das Seeschloss 1698 in habsburgischen Besitz, und 80 Jahre später erwarb es Herzog Johann Nepomuk Salvator, der vorher schon das Landschloss gekauft hatte. Er nannte sich nach den beiden Schlössern Johann Ort. Nachdem er sich mit dem Kaiserhaus entzweit hatte, unternahm er eine Seereise nach Südamerika, das er nie erreichte und verschollen blieb. Zu Beginn des 20. Jh. kam das Schloss in die Verwaltung des Staatsforstes und schließlich 1995 in den Besitz der Stadtgemeinde Gmunden, die es zur Gänze renovierte. Heute ist das Seeschloss, das durch eine 123 m lange Holzbrücke mit dem Landschloss verbunden ist, eine berühmte Sehenswürdigkeit, und die integrierte Kirche ist als Hochzeitskirche weit über die Grenzen des Landes hinaus bekannt. In den Jahren 1996 bis 2004 wurde es zum Schauplatz der Fernsehserie „Schlosshotel Orth“.
